2024年11月15-16日,第九届中国分析仪器学术大会(ACAIC 2024)在广东深圳隆重召开。主题论坛八“下一代空间多组学检测技术论坛”在会议次日成功举办。该论坛由中国科学院广州生物医药与健康研究院参与组织,中国科学院广州生物医药与健康研究院副院长孙飞研究员担任论坛主席,中国科学院广州生物医药与健康研究院彭广敦研究员负责召集,为推动空间多组学技术的发展和应用提供了重要交流平台。
上海交通大学分子医学研究院 宋佳研究员
宋佳作题为“单细胞时空组学测序仪器及应用”的报告,介绍了课题组利用空间组学测序揭示细胞类型、状态、位置的动态变化及其内在分子机制方面的工作。基于正交组合编码的空间转录组测序新方法 Decoder-Seg,开发微流控正交组合编码降低操作复杂度及制备成本,发展三维探针标记新策略显著提升捕获探针密度,性能表现领先。Decoder-Seg 实现组织水平高分辨细胞分布分析,突破传统病理诊断的瓶颈,为癌症侵袭机制研究、临床诊断标志物的发现提供有力工具。并且,探针转模印迹石蜡样本测序跨越石蜡样本障碍,拓宽样本类型多样性。此外,还基于RNA代谢标记的时空转录新方法,实现了动态分析,揭示基因表达动态信息。
北京大学化学学院 黄岩谊教授
黄岩谊作题为“亚细胞分辨率的原位空间转录分析”的报告,开发了SPRINTseq(空间分辨和信号稀释的下一代靶向测序)方法,通过混合块编码与分子稀释策略,实现了快速且高分辨率的原位空间转录组分析,为揭示细胞及亚细胞层面的分子结构变化提供可能,有望推动对疾病机制的深入理解和治疗策略的开发。这种改进的空间转录组技术对于探索复杂的生物过程和疾病机制具有巨大的潜力。
广州国家实验室 田鲁亦研究员
田鲁亦作题为“Garfield: Graph-based contrastive learning enables fast single-cell and spatial embedding”的报告。单细胞与空间组学技术有望通过揭示组织内细胞微环境和相互作用,转变对组织特定功能的理解。然而,有效整合和表征跨单细胞与空间组学样本的细胞微环境仍具挑战。团队推出了Garfield——一种基于图对比学习的深度学习方法,通过交互感知的细胞嵌入来解决整合难题。Garfield学习不同技术数据的共享嵌入空间,助力空间参考图谱构建。结果显示,Garfield在识别多数据集中的空间领域方面,表现优于现有先进模型。这些发现突显了Garfield在整合和解释各种组织类型和模态下的复杂空间数据方面,推动空间组学领域发展的潜力。
浙江大学化学系 邬建敏教授
邬建敏作题为“印迹质谱成像技术及其在临床空间代谢组学的应用”的报告。利用硅基微纳芯片质谱技术,开发了一种新型临床质谱技术。研究包括顶端接触取样激光解析质谱(TCSI-MSI)及临床空间代谢组研究和膜介导印迹质谱成像MMI-MSI及临床应用。并展望下一代空间组学分析仪器,应向系统集成创新的方向发展,包括试剂盒(芯片)+前处理设备+仪器+数据库+人工智能。
中国科学院广州生物医药与健康研究院 孙飞研究员
孙飞作题为“体电子显微学和细胞超微结构图谱”的报告。体电子显微学(VEM)是研究生物组织样品三维精细构造和细胞超微结构图谱的重要技术手段,是生物电镜前沿技术,在2023年别Nature杂志列为7个值得关注的技术之一。基于VTEM和vSEM技术,他介绍了体电子显微学在细胞超微结构图谱的应用,并将该图谱和代谢图谱等多组学图谱进行关联,从而为生物医学谱图研究提供多个研究维度。
深圳理工大学 曹罡教授
曹罡作题为“单细胞多模态空间组学技术及仪器研发”的报告,介绍了团队在单细胞分析领域的最新进展。他强调了在优化测序技术、降低实验成本和提高数据分析精度方面的工作,包括开发中低通量FISH技术、Omega-FISH、UFO DNA FISH病理检测探针以及高效的单细胞空间转录组分析策略等。此外,曹罡还提到了在空间多组学技术中的应用,如提高分辨率、减少批次效应,以及通过机器学习实现自动化识别和诊断,为精准医疗和疾病研究提供了强有力的工具。
青岛百创智能制造技术有限公司副总裁 刘敏
刘敏作题为“大尺寸空间转录组芯片及其配套精准细胞分割成像系统”的报告。近年来,空间组学成为极为重要的科研热点。然而,目前大部分空间芯片主要集中在小面积芯片领域。在此背景下,百创智造在原有百创S 级芯片的基础上,成功开发出了尺寸为50mmx60mm 的大尺寸空间转录组芯片——百创53000空间转录组芯片,三片合一实现单细胞级空间转录组,从而实现超高分辨率、原片明场+原片明场+原片荧光染色+原片空间测序、全面兼容市面上主流的测序平台、多种捕获区域灵活应用。
中国科学技术大学 唐爱辉教授
唐爱辉作题为“空间多组学成像技术和全自动分析平台MetaScope开发”的报告。基于荧光成像的空间组学技术发展迅速,但其复杂的成像流程和图像分析在工程和算法方面严重制约了技术的推广与应用。团队基于原创的BASSFISH空间转录组成像技术,开发了一套通用全自动空间组学成像设备MetaScope,并整合了基于AI的图像分析和统计算法,推出了一款高自动化的空间组学成像数据分析软件,从而建立了一个用户友好的成像与分析平台。
北京镁伽科技有限公司高级行业解决方案总监 陈毓欣
陈毓欣作题为“人工智能驱动的新一代实验室”的报告,分享了镁伽在实验室自动化领域的进展,提出建设人工智能与自动化驱动的新一代实验室(5.0)。镁伽科技服务了超过500位客户实现了实验室自动化的各种需求。镁伽科技智慧实验室--鲲鹏实验室3.0,装备分子、蛋白质、细胞、多组学、类器官5大先进平台,实现全流程自动化,能力显著提升。
中国科学院广州生物医药与健康研究院 彭广敦研究员
彭广敦作题为“空间组学技术开发与应用”的报告。空间组学作为一个快速发展的领域,旨在弥补这一空白,通过解析细胞在其天然组织中的自然状态,使研究人员能够识别位置定义的细胞类型,并理解塑造组织结构和功能的复杂通讯网络。将空多组学和单细胞分析技术整合将进一步能揭示了基因与其功能输出之间的机制联系。此外,还提出了建立人类细胞谱系大数据平台的设想,旨在实现全生命周期细胞测绘,并开发人工智能模型进行细胞操作,助力于基本生命活动的理解。
深圳华大智造科技股份有限公司高级副总裁 倪鸣
倪鸣作题为“从基因到细胞-多组学的时空探索”的报告,分享了近年来华大智造在基因与细胞时空分析领域的探索。华大智造通过自主知识产权的分析工具,利用基因组学、细胞组学、时空组学等多组学技术开展研究,开发了Cell Omics等系列产品并持续优化,更好地迎接生命科学6D时代的到来。
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